Il sistema trapianti in Italia prevede che il coordinamento dell’attività di donazione, prelievo e trapianto sia articolato su tre livelli: nazionale, regionale e locale.
Gli organismi di livello nazionale sono il CNT e la Consulta tecnica permanente per i trapianti.
Il livello regionale è costituito dai Centri regionali per i trapianti (CRT), che possono acquisire la denominazione di Centro interregionale per i trapianti (CIRT) qualora le Regioni o le Province autonome di Trento e Bolzano si associno per l'espletamento di alcune funzioni loro attribuite.
A livello locale operano i coordinamenti ospedalieri, le strutture per i prelievi, le strutture per i trapianti e gli istituti dei tessuti, di cui al decreto legislativo 6 novembre 2007, n. 191.
Tale organizzazione ha permesso al sistema trapianti italiano di raggiungere livelli di eccellenza record negli ultimi anni sia per qualità dei trapianti effettuati che per condizioni dei pazienti trapiantati, due variabili strettamente legate.